Il Rettorato è l'organo esecutivo che rappresenta l'IFSP, ed è responsabile dell'amministrazione, del coordinamento e della supervisione di tutte le attività dell'autarchia. Per l'esercizio delle sue attività, il Rettore ha il Preside, i Pro-Rettori dell'Istruzione, Estensione, Ricerca e Innovazione, Amministrazione e Sviluppo istituzionale oltre ai Consigli, al Controllo interno e alla Procura federale.


La sede dell'amministrazione si trova in Rua Pedro Vicente, 625, Canindé - São Paulo / SP.